Overvågning af Influenza A virus i svin i Danmark

På denne side kan du løbende følge resultaterne fra overvågningen af influenza virus i svin i Danmark.

Resultaterne fra overvågningen af influenza A virus i svin bliver løbende opdateret på denne hjemmeside med en månedlig frekvens. Resultaterne vil fremstå som en kort opsummering med relevante figurer.

Der kan løbende ske ændringer i tallene, når analyserne ikke har været færdige ved opdateringens afslutning, og tallene må derfor opdateres bagudrettet.
For tidligere års resultater, se arkiv.

Seneste resultater

Tabellen viser antallet af prøver, der er indgået i overvågningen og resultaterne for influenza A virus påvisning og H1pdm09 (pandemisk influenza) subtypning fordelt på hhv. det samlede antal prøver, antallet af indsendelser og antallet af besætninger, det indgår i overvågningen den pågældende måned.

Tabellen viser antallet af prøver, der er indgået i overvågningen og resultaterne for influenza A virus påvisning og H1pdm09 (pandemisk influenza) subtypning fordelt på hhv. det samlede antal prøver, antallet af indsendelser og antallet af besætninger, det indgår i overvågningen den pågældende måned.

Der er i august måned modtaget 19 indsendelser fra 19 besætninger registreret med forskellige CHR numre. I gennemsnit er der modtaget 2,5 prøver per indsendelse. I alt har 47% af indsendelserne mindst én prøve, der er positiv for influenza, hvilket markant lavere end tidligere set i år, men dog baseret på et meget lavt antal sager. Der er påvist H1pdm09 i 55% af de influenzavirus positive indsendelser, hvilket er på niveau med marts måned, men markant højere end andelen registreret de seneste to måneder. Der skal dog igen tages højde for, at denne procentdel er udregnet på baggrund af et meget lavt antal indsendelser i august måned.

Figuren viser den procentvise andel af influenza negative og positive indsendelser, samt andelen af H1pdm09 indsendelser.

Figuren viser den procentvise andel af influenza negative og positive indsendelser, samt andelen af H1pdm09 indsendelser.

Fordeling af subtyper

Figuren hviser fordeling af subtyper

Svineinfluenzavirus kan opdeles i forskellige undertyper også kaldet subtyper og genotyper, baseret på sekvensen af deres arvemateriale. Viden om cirkulerende subtyper er vigtig i forhold til valg af vaccine, optimering af diagnostikken og vurdering af den zoonotiske risiko.

I august er subtypen blevet bestemt for syv indsendelser, hvoraf H1pdmN1av og H1avN2sw lig tidligere måneder udgør størstedelen af de subtypede indsendelser. Genotypen er i alt blevet bestemt for 3 indsendelser i August måned, og de er alle af H1pdmN1av-2 genotypen.

Fordeling af genotyper

Figuren angiver fordelingen af forskellige genotyper påvist i den angivne måned og tallet der fremgår på hver blok i søjlen angiver antallet af prøver karakteriseret som den angivne genotype.

Figuren angiver fordelingen af forskellige genotyper påvist i den angivne måned og tallet der fremgår på hver blok i søjlen angiver antallet af prøver karakteriseret som den angivne genotype. Se ”oversigt over genotyper” for at finde oprindelsen af hvert gensegment i den angivne genotype. Du finder ud af hvilken genotype din prøve er ved at indtaste dit ”Sagsnr.” fra laboratoriesvaret fra SSI i søgefunktionen i det fylogenetiske træ. Alle sekvenser fra overvågningen i det fylogenetiske træ er mærket med ”_” og så genotypen i enden af deres navn. Fx ”2022-00033-8_H1avN2sw-2”. Hvis en skevens er mærket med ”-0” i slutningen af genotypen er det fordi at kun HA og NA sekvenserne har været tilgængelige for den enkelte prøver, og derfor kunne genotypen ikke bestemmes.

Om overvågningen 

DK-VET udfører en systematisk prospektiv passiv overvågning af cirkulerende influenzavirus i danske svin baseret på prøver fra svin med kliniske tegn på influenza virus. Det overordnede formål er at overvåge hvilke influenzavirus subtyper og genotyper, der cirkulerer blandt danske svin, samt at kortlægge sygdomsårsager i svinepopulationen med henblik på at sikre det strategiske mål at mindske antibiotikaforbruget i danske svinebesætninger. Resultaterne anvendes til at belyse en række veterinære og zoonotiske aspekter.

Veterinære aspekter

  • At opnå en bedre forståelse af den komplekse epidemiologi af Influenza A virus i svin under danske forhold.

  • At muliggøre en tidlig etablering af virus stocks til hurtig produktion af vacciner mod nye virus subtyper, der giver forøget sygdom i svin.

  • At sikre at de i landet anvendte diagnostiske tests identificere alle kendte influenza A virus subtyper i svin.

  • At kunne dokumentere, specielt over for eksportmarkeder, hvilke influenza A virus subtyper, der er til stede i Danmark – dette er specielt relevant i de tilfælde, hvor nye virus opdages i svin andre steder i verden/Europa.

  • Bidrage til at der opnås et fælles europæisk overblik over cirkulerende influenza A virus i svin.

Zoonotiske aspekter

  • Tidlig påvisning og dyrkning af nye virus, som har et muligt zoonotisk potentiale.

  • Tidlig påvisning af molekylære markører, der indikerer øget risiko for human smitte.

  • Tidlig påvisning af virus, som indeholder genetiske markører, der indikerer at de er resistente overfor antivirale midler.

  • Identifikation af genetiske ændringer i cirkulerende influenza A virus øger muligheden for at forberede effektive diagnostiske tests og beskyttende vacciner, hvis der sker smitte til mennesker.

Overvågningen omfatter

  • Overvågningen udføres på prøver fra svinebesætninger i Danmark, der er indsendt til diagnostisk undersøgelse for influenzavirus på Statens Serum Institut (SSI) og veterinært laboratorium, Kjellerup (Landbrug og Fødevarer) og omfatter:

  • Undersøgelse for influenzavirus vha. pan-influenza A virus real time RT-PCR på brugerbetalte diagnostiske indsendelser til influenzavirusundersøgelse på Statens Serum Institut (SSI) eller SEGES Laboratorium for Svinesygdomme, Kjellerup.

  • Test af influenza A virus positive prøver for pandemisk H1N1 (H1N1pdm09) ved real time RT-PCR, der specifikt detekterer HA-genet i H1N1pdm09 virus (H1pdm09).

  • Subtypning/genotypning vha. Next Generation Sequencing (NGS) på minimum én prøve per influenza positive sag.

Definitioner og forkortelser 

Influenzavirus har et RNA genom, der er fordelt på 8 segmenter, som hvert indeholder minimum et gen, der koder for influenzavirusproteiner. Ud over overfladegenerne hemagglutinin (HA) og neuraminidase (NA), der bestemmer subtypen af influenzavirus, er det vigtigt at kende de øvrige såkaldte ”interne gener”, da disse er med til at bestemme virulens og værtsspecificitet af et givent influenzavirus og defineres som virus genotypen.

Nedenstående er der en beskrivelse af de influenza A virus subtyper og gensegmenter, der indtil nu er påvist i danske svin.

H1avN1av
”Avian-like” svine H1N1. Opstod ved en introduktion af et helt virus til svin fra fugle i slut 70’erne/start 80’erne i Europa. Dette virus blev påvist første gang i Danmark i 1981, og anses for at være enzootisk i Danmark.

H3swN2sw
”Svine H3N2”. Stammer fra det humane H3N2 oprindelig fra Hong Kong influenzaen 1968, der adapterede til svin og i 1984 reassorterede og tog de interne gener fra ”avian-like” svine H1avN1av. Dette virus blev påvist første gang i Danmark i 1990.

H1avN2sw
Navngives også ”H1N2dk”. Virus har det samme ”avian-like” svine H1 og ”avian-like” svine interne gener, men med N2 genet fra dansk svine H3swN2sw. Dette virus blev påvist første gang i Danmark 2003, og anses for at være enzootisk i Danmark.

H1N1pdm09
Virus, der i 2009 forårsagede en human influenza pandemi oprindeligt fra Mexico. HA, NA og de interne gener er forskellige fra de andre enzootiske subtyper. Dette virus anses nu også for at være enzootisk i Danmark.

H1huN2sw
Virus der første gang blev påvist i England i 1994 og som er en reassortant mellem human sæsoninfluenza, der cirkulerede i 80’erne, og svine H3swN2sw. Dette virus er aldrig påvist i Danmark, men cirkulerer i store dele af Europa.

H1pdm09
Virus med det specifikke HA fra H1N1pdm09.

N1pdm09
Virus med det specifikke NA fra H1N1pdm09.

H1av
HA gen fra ”avian-like” svine H1avN1av.

N1av
NA gen fra ”avian-like” svine H1avN1av.

N2sw
NA gen fra ”svine” H3swN2sw og H1avN2sw.

N2hu#
NA gen beslægtet med NA-genet fra den humane sæsoninfluenza H3huN2hu. ”#” angiver det årstal hvor genet med størst lighed er observeret i mennesker.

H3hu#
HA gen beslægtet med HA-genet fra den humane sæsoninfluenza H3huN2hu. ”#” angiver det årstal hvor genet med størst lighed er observeret i mennesker. Det er forskelligt fra HA genet i svine H3swN2sw.

 

Oversigt over genotyper 

Figuren viser oversigt over genotyper

De otte gensegmenter i influenza A virus er angivet HA, NA, PB2, PB1, PA, NP, M og NS. For hver gensegment fra den pågældende genotype er der angivet med en farvekode og tekst, hvilket oprindelse genet har. ”Av/sw” angiver avian/swine oprindelse, ”pdm” angiver pandemisk oprindelse og ”hu” angiver human sæson oprindelse foruden H1pdm09 oprindelse. Genotyperne er angivet ved navnet på subtypen og et tal der angiver hvilke interne gensegmenter den pågældende genotype har.

Fylogenetisk analyse

Find din prøve i det fylogenetiske træ.

Download her

Kontakt