Nipahvirus smitter svin i alle aldre, men giver forskellige symptomer. Inkubationstiden (den tid, der går, fra dyret bliver smittet, til det viser tegn på sygdom) er 7-14 dage. Ikke alle svin i en besætning vil vise tegn på sygdom.
Hos helt unge grise og slagtesvin ses akut feber med luftvejssymptomer, strækkende sig fra let forøget vejrtrækning med åben mund til voldsom hoste. Der kan ses rystelser, muskeltrækninger, manglende lyst til at stå op og forskellige grader af lammelser.
Søer og orner kan findes med akut feber med besværlig vejrtrækning, savlen og blodtilblandet flåd fra næsen. Der ses nervøsitet, uro, kramper, rullende øjne og lammelser. Hos søer kan ses aborter. Angrebne dyr dør meget hurtigt – indenfor et døgn.