Ny resistensovervågning i danske husdyr

I 2021 opstarter nyt overvågningsprojekt af antibiotikaresistens i svin og regnbueørreder baseret på helgenom-sekventering af patogene bakterier.

 

Smågrise i stald

I Danmark er der stort fokus på antibiotikaforbruget og forebyggelse af antibiotikaresistens i husdyrproduktionen. I denne sammenhæng har Fødevarestyrelsen bedt Dansk Veterinær Konsortium (DK-VET) om at belyse forekomsten af klinisk relevante resistensmønstre i den danske husdyrproduktion som basis for håndtering af risiko for udvikling af resistens og for at sikre et effektivt og lavt antibiotikaforbrug. Opgaven blev opdelt i en undersøgelsesfase og en planlægningsfase, der begge blev gennemført i 2020, og en implementeringsfase, der startede i januar 2021.

Undersøgelsesfase

Indledningsvist blev veterinærdiagnostiske laboratorier kontaktet for at få oplysninger om tilgængeligheden af kliniske stammer fra diagnostiske prøver, der ville kunne indgå i et nyt resistensovervågningsprojekt. I Danmark sendes kliniske prøver fra svin og regnbueørreder i havbrug til henholdsvis SEGES Laboratorium for Svinesygdomme og DTU Aqua, som udfører bakteriedyrkning, artsidentifikation og fænotypisk resistensbestemmelse. Begge laboratorier deltog i planlægningsfasen og har udtrykt interesse for at bidrage med kliniske stammer til resistensovervågningen og deltage i udviklingsarbejdet. Resistensovervågning af kliniske stammer fra mink er i øjeblikket ikke relevant på grund af beslutningen om at aflive alle danske mink som følge af SARS-CoV-2-udbruddet. I Danmark foregår der ikke nogen systematisk indsamling af kliniske stammer fra kvæg og fjerkræ, hvorfor det i øjeblikket ikke er muligt at udføre resistensovervågning i disse produktionssystemer.

Planlægningsfase

Det er planlagt, at den nye resistensovervågning hvert år vil omfatte op til 700 kliniske stammer, der repræsenterer de vigtigste patogene bakterier i forskellige produktionssystemer. Stammerne vil blive indsamlet løbende over året fra hele Danmark, og vil over årene blive forsøgt indsamlet fra forskellige produktionssystemer, hvor der er tilstrækkeligt mange stammer til rådighed. De kliniske stammer vil gennemgå følgende undersøgelser:

  • Helgenom-sekventering (WGS) på Illumina-platforme.

  • WGS-baseret påvisning af resistensgener og -mutationer.

  • Sammenligning af geno- og fænotypisk resistensdata.

  • WGS-baseret typning (fx multilokussekvenstypning, serotypning, fimbriaetypning, påvisning af toksiner osv.).

  • Fylogenetisk analyse af WGS-data for at udlede populationsstrukturen og fordelingen af resistensgener i individuelle patogene bakterier.

  • WGS af udvalgte kliniske stammer på Nanopore-platformen for at bestemme, om de påviste resistensgener er placeret på mobile genetiske elementer (MGEer).

Resultaterne vil blive offentliggjort i de årlige DANMAP-rapporter.

Implementeringsfase

Den WGS-baserede resistensovervågning af kliniske stammer fra svin begyndte i januar 2021, mens inddragelse af kliniske stammer fra regnbueørreder i havbrug afventer endelig godkendelse. Så snart aftalen er på plads, vil disse stammer også indgå i overvågningen.

Forventede resultater

Den nye resistensovervågning i husdyr forventes at føre til:

  • Øget viden om forekomst af resistens i specifikke produktionssystemer.

  • Øget viden om genotypisk resistens over for antibiotika af både veterinær og human relevans, også i de tilfælde hvor fænotypisk resistensbestemmelse ikke kan udføres.

  • Øget viden om, hvordan antibiotikaresistens og patogene bakterier spredes i de forskellige produktionssystemer (klonal spredning af bakterier eller horisontal overførsel af MGEer mellem forskellige bakteriepopulationer).

Den opnåede viden vil kunne bidrage til identifikation af risikofaktorer for og mulige interventioner mod forekomst og spredning af antibiotikaresistens og patogene bakterier inden for de forskellige produktionssystemer.